納米孔測序技術結合元基因組分析 新法可快速檢測埃博拉病毒(轉自中國科技)


[導讀] 美國研究人員近日完成的一項原則證明性研究稱,基於DNA排序的實時血液檢測,可迅速對埃博拉出血熱、基孔肯雅熱等危重傳染病進行診斷。

納米孔測序技術結合元基因組分析

新法可快速檢測埃博拉病毒

科技日報北京9月30日電 (記者劉歲晗)美國研究人員近日完成的一項原則證明性研究稱,基於DNA排序的實時血液檢測,可迅速對埃博拉出血熱、基孔肯雅熱等危重傳染病進行診斷。研究人員表示這項檢測未來有望用於實驗場地和醫療設施缺乏的地區。

大多數商用或科研用基因診斷是以特定的病原體為目標。但美國加州大學舊金山分校檢驗醫學副教授查爾斯·邱(音譯)領導的研究團隊開發出的新檢測技術,則不要求預先識別出嫌疑病原體。這種在臨床所有DNA樣本中不知道哪種是正在被拿來檢測的公正無預判的分析手段,被稱為元基因組分析法,已用於對埃博拉病毒的檢測。

去年,運用這種方法,該研究團隊檢測了一名來自威斯康星州患有嚴重腦炎的男孩脊髓液中的所有DNA樣本,診斷出了一種罕見的病毒,在醫學界引起了強烈反響。但當時診斷費時兩天。此次,研究團隊對兩位來自非洲的埃博拉患者儲存血液樣本中的遺傳指紋進行檢測。整個診斷過程持續五小時,而DNA測序本身才花費了10分鍾。在本次檢測中,研究人員開發了可在筆記本上使用的分析和可視化軟件,並利用了新興的DNA測序技術——納米孔測序技術來輔助實驗,大大提高了獲取實驗結果的速度。

納米孔測序技術是DNA第四代最先進的測序技術。該技術通過測量對不同核酸通過納米孔時對電流產生的微弱擾動差異,來識別不同堿基。納米孔測序裝置不僅體積小,攜帶方便,還可以實時、直接生成實驗數據,使基因測序過程變得迅速了許多。

研究團隊還檢測了波多黎各正在暴發的基孔肯雅熱的致病病毒。他們從一位並未表現出任何症狀的當地獻血者的血液樣本中迅速檢測到了基孔肯雅病毒,該獻血者最終報告發燒並伴有關節疼痛。

查爾斯·邱指出,將納米孔測序技術運用於實時元基因組檢測病原體的方法,將為傳染病診斷帶來根本上的改變。

新研究9月29日發表在《基因組醫學》雜誌官網上。



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